Desde que los frailes franciscanos iniciaron la construcción de un colegio, una iglesia y un convento en 1803, bajo la dirección de fray Rafael de la Serna, la historia de este complejo arquitectónico ha atravesado “las vicisitudes de la lucha por la independencia, los conflictos inherentes a la conformación de la nación colombiana y las incesantes guerras civiles que sacudieron al país hasta la Guerra de los Mil Días. Todos estos acontecimientos, de los cuales alumnos, maestros y directivos fueron decididos partidarios de uno u otro bando, pusieron al edificio en el centro de los acontecimientos, como lugar de debate o de confrontación, en una dinámica que se juega de manera alternativa entre los libros y los fusiles”, como se lee en el “Informe histórico” sobre el claustro de San Ignacio publicado por Comfama.