Para 1678 el edificio era una capillita de veneración a la Virgen de las Mercedes. Demolida y reedificada en 1802. En 1919 los franciscanos iniciaron la construcción del templo actual, que fue inaugurado en 1926.

A medida que se ingresa en el barrio San Benito, en especial por la calle Boyacá, reino de carpinterías, bodegas de reciclaje, mueblerías y ferreterías, el ruido de buses y pregoneros, característico del Centro, se hace más periférico. Entonces el casi silencio adobado con un rumor de motores en el fondo resulta acogedor. Así es, al menos en el día, el sector aledaño a la iglesia que le da nombre al barrio. Lugar de trabajo, de transeúntes rumbo a la plaza Minorista y de habitantes sin casa que arrastran su miseria en costales, a los que en las noches se unen prostitutas y jíbaros. Es por eso que la iglesia es custodiada, día y noche, cerrada y abierta, por tres hombres de una empresa de seguridad, facilitados a la parroquia por la Universidad San Buenaventura. Porque, sea el momento de decirlo, iglesia y universidad son hermanas, hijas de la comunidad franciscana.